El 19 de octubre, en el 3-2 ante el Leipzig en el tercer partido de clasificación en la Liga de Campeones,hizo su primer doblete, el segundo gol, de penal a lo Panenka, después de una falta sobre Mbappé en el área rival. 400 en un único partido de 2006 para celebrar su 400° partido en el equipo. El 5 de abril, en la vuelta de cuartos de final de la Liga de Campeones, el Barcelona venció 4-1 al Arsenal con goles todos de Messi que, con ocho tantos, fue máximo goleador del torneo.