Una crisis de mal juego devolvió al Alavés a Tercera División, e incluso en 1966, equipacion italia mundial 2022 le puso otra vez al borde de la desaparición. En la temporada 1943-44, ascendió a Tercera División, y en 1946 logró su primer título nacional: la Copa Federación, venciendo en la final por 3-2 al S.D. Durante las siguientes temporadas, el Alavés oscila entre la 3ª y 2ªB, destacando el período 1974-1983 en el que se asienta en la Segunda División, con destacables actuaciones en las copas de 1978 y 1979, en las que alcanzaron los cuartos de final.